Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
CCDC42Q96M95 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
CCDC42Q96M95 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.7 ms