Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
LIMS1P48059 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
LIMS1P48059 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
LIMS1P48059 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms