Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
MSX1P28360 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
MSX1P28360 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
MSX1P28360 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
MSX1P28360 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
MSX1P28360 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
MSX1P28360 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
MSX1P28360 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
MSX1P28360 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
MSX1P28360 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
MSX1P28360 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
MSX1P28360 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
MSX1P28360 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
MSX1P28360 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
MSX1P28360 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
MSX1P28360 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
MSX1P28360 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
MSX1P28360 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
MSX1P28360 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
MSX1P28360 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
MSX1P28360 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
MSX1P28360 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
MSX1P28360 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
MSX1P28360 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
MSX1P28360 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
MSX1P28360 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
MSX1P28360 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
MSX1P28360 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
MSX1P28360 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
MSX1P28360 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
MSX1P28360 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
MSX1P28360 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
MSX1P28360 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
MSX1P28360 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
MSX1P28360 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
MSX1P28360 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
MSX1P28360 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
MSX1P28360 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
MSX1P28360 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
MSX1P28360 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
MSX1P28360 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
MSX1P28360 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
MSX1P28360 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
MSX1P28360 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
MSX1P28360 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
MSX1P28360 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
MSX1P28360 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
MSX1P28360 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
MSX1P28360 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
MSX1P28360 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
MSX1P28360 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
MSX1P28360 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
MSX1P28360 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
MSX1P28360 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
MSX1P28360 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
MSX1P28360 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
MSX1P28360 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
MSX1P28360 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
MSX1P28360 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
MSX1P28360 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
MSX1P28360 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
MSX1P28360 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
MSX1P28360 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
MSX1P28360 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
MSX1P28360 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
MSX1P28360 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
MSX1P28360 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
MSX1P28360 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
MSX1P28360 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
MSX1P28360 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
MSX1P28360 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
MSX1P28360 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
MSX1P28360 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
MSX1P28360 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
MSX1P28360 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
MSX1P28360 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
MSX1P28360 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
MSX1P28360 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
MSX1P28360 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
MSX1P28360 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
MSX1P28360 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
MSX1P28360 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
MSX1P28360 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
MSX1P28360 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
MSX1P28360 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
MSX1P28360 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
MSX1P28360 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
MSX1P28360 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
MSX1P28360 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
MSX1P28360 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
MSX1P28360 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
MSX1P28360 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
MSX1P28360 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
MSX1P28360 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
MSX1P28360 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
MSX1P28360 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
MSX1P28360 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
MSX1P28360 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
MSX1P28360 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
MSX1P28360 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 137.4 ms