Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
BDNFP23560 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
BDNFP23560 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
BDNFP23560 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
BDNFP23560 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
BDNFP23560 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
BDNFP23560 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
BDNFP23560 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
BDNFP23560 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
BDNFP23560 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
BDNFP23560 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
BDNFP23560 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
BDNFP23560 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
BDNFP23560 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
BDNFP23560 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
BDNFP23560 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
BDNFP23560 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
BDNFP23560 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
BDNFP23560 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
BDNFP23560 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
BDNFP23560 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
BDNFP23560 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
BDNFP23560 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
BDNFP23560 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
BDNFP23560 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
BDNFP23560 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
BDNFP23560 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
BDNFP23560 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
BDNFP23560 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
BDNFP23560 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
BDNFP23560 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
BDNFP23560 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
BDNFP23560 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
BDNFP23560 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
BDNFP23560 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
BDNFP23560 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
BDNFP23560 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
BDNFP23560 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
BDNFP23560 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
BDNFP23560 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
BDNFP23560 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
BDNFP23560 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
BDNFP23560 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
BDNFP23560 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
BDNFP23560 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
BDNFP23560 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
BDNFP23560 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
BDNFP23560 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
BDNFP23560 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
BDNFP23560 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
BDNFP23560 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
BDNFP23560 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
BDNFP23560 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
BDNFP23560 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
BDNFP23560 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
BDNFP23560 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
BDNFP23560 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
BDNFP23560 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
BDNFP23560 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
BDNFP23560 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
BDNFP23560 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
BDNFP23560 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
BDNFP23560 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
BDNFP23560 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
BDNFP23560 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
BDNFP23560 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
BDNFP23560 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
BDNFP23560 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
BDNFP23560 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
BDNFP23560 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
BDNFP23560 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
BDNFP23560 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
BDNFP23560 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
BDNFP23560 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
BDNFP23560 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
BDNFP23560 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
BDNFP23560 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
BDNFP23560 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
BDNFP23560 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
BDNFP23560 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
BDNFP23560 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
BDNFP23560 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
BDNFP23560 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
BDNFP23560 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
BDNFP23560 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
BDNFP23560 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
BDNFP23560 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
BDNFP23560 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
BDNFP23560 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
BDNFP23560 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
BDNFP23560 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
BDNFP23560 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
BDNFP23560 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
BDNFP23560 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
BDNFP23560 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
BDNFP23560 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
BDNFP23560 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
BDNFP23560 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
BDNFP23560 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
BDNFP23560 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.9 ms