Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 RER1-202ENST00000378512 1404 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 CARS-203ENST00000397111 2685 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 LAMTOR5-204ENST00000483260 694 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 METTL23-202ENST00000586200 465 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 METTL23-212ENST00000590964 1006 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 ZNF418-208ENST00000599852 2501 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 HMGXB3-202ENST00000503427 5275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 KRT23-201ENST00000209718 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 CADPS2-204ENST00000412584 4308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 INA-201ENST00000369849 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 AL354836.1-201ENST00000414042 681 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 MIEN1-205ENST00000577810 806 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 TMEM97-205ENST00000583381 578 ntTSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 TTC29-202ENST00000398886 1729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 TPM1-201ENST00000267996 1670 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 TPM1-219ENST00000559397 1655 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 AL603832.2-201ENST00000566195 2125 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 PNCK-202ENST00000370142 1525 ntTSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 PRR30-202ENST00000432962 1440 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 DMRTC2-201ENST00000269945 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 TNFRSF13C-201ENST00000291232 3944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 MRS2-202ENST00000378353 1740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 WWOX-204ENST00000408984 1227 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
VPS29Q9UBQ0 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms