Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SDCBP2-202ENST00000360779 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 DUOX1-202ENST00000389037 5483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 NFASC-205ENST00000403080 2462 ntTSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC055876.3-201ENST00000431496 288 ntBASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TAF8-206ENST00000472818 719 ntTSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TRPV4-207ENST00000541794 2475 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC138649.4-201ENST00000612222 287 ntBASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 BNC1-201ENST00000345382 4610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SLITRK2-202ENST00000370490 7672 ntAPPRIS P1 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SLCO5A1-206ENST00000530307 2630 ntTSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.75□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 MAGI1-201ENST00000330909 7415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PCDH17-201ENST00000377918 8232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 IL34-202ENST00000429149 1779 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 EWSR1-203ENST00000332050 2552 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 MRGPRF-202ENST00000320913 705 ntTSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 FLYWCH2-203ENST00000572006 754 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC015911.4-201ENST00000588022 1070 ntBASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SBK3-202ENST00000612221 1270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 AC106886.4-201ENST00000623557 2502 ntBASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 SLC2A14-202ENST00000396589 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 RGL3-202ENST00000393423 2278 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 HS3ST3B1-201ENST00000360954 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.74□□□□□ -0.37
HOXD3P31249 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.6 ms