Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 TNNI1-203ENST00000367312 1100 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 AC008735.3-201ENST00000596646 500 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 PFAS-212ENST00000625942 396 ntTSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 AL160035.1-201ENST00000637583 576 ntTSL 4 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 GPR135-201ENST00000395116 4578 ntAPPRIS P1 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 AC007613.1-201ENST00000572811 2597 ntBASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 KRT8-217ENST00000619952 2437 ntTSL 2 BASIC20.63■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 SGK3-206ENST00000520976 2483 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 UCHL3-201ENST00000377595 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 NME6-203ENST00000415644 849 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 THPO-202ENST00000421442 1132 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 GALT-202ENST00000450095 1280 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 TMEM170A-203ENST00000566980 547 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 C17orf62-239ENST00000585080 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 AC005746.1-201ENST00000589244 672 ntTSL 3 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 H2BFM-203ENST00000598335 465 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 AL033527.5-201ENST00000641382 801 ntBASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 FAM83H-201ENST00000388913 5654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 BRINP1-202ENST00000373964 1641 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 PAAF1-207ENST00000536003 1639 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 DPYSL3-202ENST00000398514 5309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 NSL1-201ENST00000366976 722 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 AKIP1-204ENST00000396648 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 TPM1-207ENST00000403994 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 BOLA2P3-201ENST00000404566 256 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 ECSIT-203ENST00000417981 970 ntTSL 2 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 IGFBP2-204ENST00000456764 846 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 C19orf24-202ENST00000469144 668 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 SMIM22-202ENST00000586440 549 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 FAM171B-202ENST00000612606 940 ntTSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 NDUFB1-207ENST00000617122 417 ntTSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.61■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 TMEM155-201ENST00000337677 2313 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 TRMT112-201ENST00000308774 561 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 MIR4538-201ENST00000581377 78 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 FLT3LG-205ENST00000596435 1034 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 AL365330.1-201ENST00000607459 531 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 SLC35A1-202ENST00000369556 1720 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 HTR7P1-202ENST00000624664 4411 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 CD99P1-204ENST00000435581 2788 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 PRPS2-203ENST00000398491 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 KLK10-202ENST00000358789 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
CCDC87Q9NVE4 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.2 ms