Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 TJP1-212ENST00000614355 6977 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 HMBOX1-212ENST00000558662 1765 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 KCNB1-203ENST00000635465 4114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 TAOK2-203ENST00000416441 4780 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 MIDN-201ENST00000300952 3790 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 TAF1D-203ENST00000448108 2082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 FAM58DP-201ENST00000428076 619 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 TMPRSS13-203ENST00000524993 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 CLDN14-201ENST00000342108 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 TEX30-202ENST00000376021 1038 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 AC005759.1-201ENST00000594805 855 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 CBY1-211ENST00000619293 1118 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 NFASC-205ENST00000403080 2462 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 EPB41L3-203ENST00000400111 4259 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 RBBP7-204ENST00000404022 1904 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 LETM2-201ENST00000297720 1693 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 VAV2-201ENST00000371850 4837 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 PLIN1-201ENST00000300055 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 IQCE-204ENST00000404984 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
DKK3Q9UBP4 TRPV4-205ENST00000537083 2436 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41 ms