Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 HNF1B-202ENST00000614313 1819 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 ZNF346-202ENST00000503039 2774 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 AC006449.6-201ENST00000612330 2296 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 RNPS1-223ENST00000568631 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 ACRV1-201ENST00000315608 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 CHIA-203ENST00000353665 1214 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 TOM1L1-204ENST00000570371 2442 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 HNRNPA3P1-201ENST00000401429 1139 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 AL161785.2-201ENST00000427080 966 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 HNRNPA3P5-201ENST00000455201 833 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
COL3A1P02461 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 OAZ2-207ENST00000560258 1744 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 SLC26A5-202ENST00000339444 2474 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COL3A1P02461 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.7 ms