Protein–RNA interactions for Protein: Q6NUP7

PPP4R4, Serine/threonine-protein phosphatase 4 regulatory subunit 4, humanhuman

Predictions only

Length 873 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PPP4R4Q6NUP7 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 TBC1D22A-205ENST00000406733 2267 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 TLDC2-201ENST00000217320 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 RPUSD3-201ENST00000383820 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 PCDH1-203ENST00000394536 3827 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 SKP2-204ENST00000508514 821 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 FGFR1OP2-206ENST00000546072 956 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 FAM222B-202ENST00000452648 2836 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 SLC5A7-202ENST00000409059 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 BPTF-202ENST00000321892 11292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 FBXO28-201ENST00000366862 5451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 C15orf52-202ENST00000397536 4717 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 AC144831.1-201ENST00000573312 2656 ntBASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 YDJC-201ENST00000292778 1351 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 ULK4-203ENST00000420927 1904 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 DBET-201ENST00000630918 3363 ntBASIC16■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 AL136379.1-201ENST00000623471 2642 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 ATP11B-201ENST00000323116 7325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 C4A-243ENST00000428956 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 C4B-202ENST00000435363 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 AC006063.2-201ENST00000640161 1696 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 ASNS-201ENST00000175506 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 LRP8-202ENST00000347547 2382 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 FSD2-202ENST00000541889 2356 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 C14orf79-205ENST00000549240 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 SLC4A3-201ENST00000273063 4246 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 HSFX1-201ENST00000370416 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 DCAF17-202ENST00000375255 5828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 MIEF1-202ENST00000402881 2269 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 MTA1-203ENST00000406191 2770 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 PCDHGB2-202ENST00000622527 2588 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 LMX1B-201ENST00000355497 5809 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 CBSL-201ENST00000398168 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 APOPT1-201ENST00000409074 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 LINC00884-202ENST00000448892 2680 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 LZTS1-202ENST00000381569 5706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 PITPNM3-201ENST00000262483 7086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 MBD1-222ENST00000590208 2913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 CHMP1A-202ENST00000535997 2295 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 CYB561D1-205ENST00000430195 5077 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 TAF1B-201ENST00000263663 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 CCDC83-201ENST00000280245 2358 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 PSMD2-201ENST00000310118 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
PPP4R4Q6NUP7 DCLK2-201ENST00000296550 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.9 ms