Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 RGS14-201ENST00000408923 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 HNRNPLL-202ENST00000358367 2779 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 EIF3L-202ENST00000406934 2282 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 TTC28-AS1-213ENST00000434221 972 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 FXYD1-202ENST00000455515 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AP000842.3-202ENST00000569238 1080 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AC084121.4-201ENST00000641598 221 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 AF228730.8-201ENST00000642140 221 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 TTLL10-201ENST00000379288 2114 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 ARHGEF4-206ENST00000428230 2172 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 MIER1-204ENST00000371012 2420 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
USP53Q70EK8 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ZNF500-201ENST00000219478 5880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ST7-OT4-203ENST00000466018 894 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 PRICKLE2-AS1-203ENST00000476308 623 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 TIMM13-202ENST00000591871 631 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.2 ms