Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 AC132872.4-202ENST00000622924 2756 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 COL4A1-204ENST00000543140 2547 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 ZSCAN1-203ENST00000601162 813 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 COTL1-201ENST00000262428 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 ARHGAP11A-201ENST00000361627 5898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 ZFAND5-204ENST00000376960 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 TLE6-202ENST00000452088 1883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 PI4KAP1-201ENST00000610959 2425 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 AL162727.3-201ENST00000635661 2787 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 FADS2-202ENST00000278840 3630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 GOLGA2P3Y-201ENST00000416946 1653 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
SDC1P18827 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 MYEF2-215ENST00000610570 2591 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 PRKAR2B-201ENST00000265717 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 WDR45-239ENST00000634944 1745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 CRTC3-202ENST00000420329 5209 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 MAPK14-201ENST00000229794 3779 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 PRDM8-201ENST00000339711 4095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 COMMD6-203ENST00000377615 1793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 ANXA6-211ENST00000521512 1793 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SDCBP2-202ENST00000360779 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SLX1A-202ENST00000345535 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SLX1B-202ENST00000351581 762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 NOP16-205ENST00000509257 1000 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 GPHA2-202ENST00000532246 466 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 CHMP1A-208ENST00000550102 803 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 OR7E47P-204ENST00000575924 449 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 AC068594.1-202ENST00000581657 749 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 AL121912.1-201ENST00000603683 238 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 RELT-201ENST00000064780 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 VSX2-201ENST00000261980 2995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SRPX-201ENST00000378533 1874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 FOXP3-202ENST00000376199 2274 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 IKBIP-201ENST00000299157 3189 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 CACNA1I-201ENST00000401624 6740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
SDC1P18827 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27 ms