Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 CCDC43-202ENST00000457422 2058 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 FBP1-201ENST00000375326 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 IKBKE-204ENST00000584998 2487 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 CES4A-206ENST00000540579 1825 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 DANCR-201ENST00000411630 904 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 AL807752.3-201ENST00000456356 748 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 AC087645.4-201ENST00000638890 792 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 CBS-202ENST00000359624 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 CBSL-203ENST00000618024 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 STIM2-203ENST00000467011 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 COMMD5-202ENST00000402718 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 ZNF514-201ENST00000295208 3011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 CLU-215ENST00000523500 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 KIAA1586-203ENST00000545356 2883 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SYNPO-201ENST00000307662 5374 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 LETM2-201ENST00000297720 1693 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 GPAT2-201ENST00000359548 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SLC22A12-205ENST00000473690 2522 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SHOX-201ENST00000334060 1951 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.66
VPS54Q9P1Q0 UIMC1-201ENST00000377227 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 MAGEA2-207ENST00000620710 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 IFNL1-201ENST00000333625 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AC110813.1-201ENST00000507934 2209 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
VPS54Q9P1Q0 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.5 ms