Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 PPP2R2B-206ENST00000453001 2569 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 TMEM184A-201ENST00000297477 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 PLCB1-203ENST00000378641 7323 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 AMZ2P1-202ENST00000430983 3425 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 KIF5B-201ENST00000302418 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 EIF4G1-202ENST00000346169 5516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 CPEB2-203ENST00000382395 5524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 SPACA6-213ENST00000637797 1073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 MASTL-203ENST00000375946 3623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 MFSD1-203ENST00000415822 2423 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 TUBGCP2-204ENST00000417178 4029 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 DAND5-202ENST00000585548 1731 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 F3-202ENST00000370207 1879 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 ARMC6-203ENST00000392336 1866 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 USP42-201ENST00000306177 5155 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 FDX1-201ENST00000260270 3206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 RASA4-204ENST00000462172 2634 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 AC026412.1-203ENST00000507841 2338 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC42Q96M95 CLN5-208ENST00000636183 6664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 COQ8B-201ENST00000243583 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 ADAM9-206ENST00000481513 2387 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 ISCA1-202ENST00000326094 1264 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 KRT16P4-201ENST00000453883 522 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 AL022326.1-202ENST00000641533 845 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 NPRL3-211ENST00000611875 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 DNAJC10-210ENST00000616986 5783 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 TCP10-201ENST00000366827 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 PTK6-202ENST00000542869 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 SP100-204ENST00000409341 1898 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC42Q96M95 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC18■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms