Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 GBGT1-208ENST00000540636 1934 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 ANKS3-230ENST00000614075 2387 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 TMEM5-205ENST00000537373 1966 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 TPM1-207ENST00000403994 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 SVIL-AS1-208ENST00000446807 1007 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 TPI1-206ENST00000488464 791 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AURKB-202ENST00000534871 1167 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC006064.3-201ENST00000537921 477 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 C12orf57-206ENST00000544681 980 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC000032.1-201ENST00000562538 491 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 TMEM170A-203ENST00000566980 547 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 C19orf53-206ENST00000593274 491 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 AC244093.1-201ENST00000610837 814 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC9Q9Y3X0 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 SLC1A6-210ENST00000600144 1735 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 NXT2-202ENST00000372103 1085 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AL354761.2-202ENST00000430816 546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 KRT43P-201ENST00000434019 910 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 BMP7-AS1-201ENST00000445956 436 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 RCAN1-212ENST00000492600 935 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 BRF2-202ENST00000520601 1192 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AC009093.8-202ENST00000562902 677 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AC133550.2-201ENST00000567731 544 ntTSL 4 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AC093726.1-201ENST00000608064 963 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 WNT11-204ENST00000621122 789 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AL033527.5-201ENST00000641382 801 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 CD276-201ENST00000318424 2738 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 LDHD-202ENST00000450168 1966 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AC020907.1-201ENST00000616460 1350 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 ACRV1-201ENST00000315608 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 PLA2G5-201ENST00000375108 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-35-201ENST00000390617 366 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AL583810.1-201ENST00000553344 1045 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AL133153.2-201ENST00000557524 303 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 HACD3-202ENST00000442729 1332 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 LRCH2-201ENST00000317135 4929 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CCDC9Q9Y3X0 GATM-201ENST00000396659 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 134.2 ms