Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 CARHSP1-214ENST00000569572 578 ntTSL 315.51■□□□□ 0.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TNK2-219ENST00000481865 5940 ntTSL 515.51■□□□□ 0.074e-8■■■■■ 107
SF3B1O75533 PACS2-214ENST00000552138 765 ntTSL 215.5■□□□□ 0.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LRRFIP1-210ENST00000474195 1957 ntTSL 215.49■□□□□ 0.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AP1S1-202ENST00000429457 573 ntTSL 515.49■□□□□ 0.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNAJC7-209ENST00000587727 449 ntTSL 315.49■□□□□ 0.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DENND5B-202ENST00000389082 9470 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRMT2-209ENST00000455177 581 ntTSL 315.47■□□□□ 0.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MKS1-202ENST00000393119 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MED20-207ENST00000482361 1481 ntTSL 215.46■□□□□ 0.078e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MAP3K1-201ENST00000399503 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.068e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC01229-201ENST00000561510 1494 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.068e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SEH1L-204ENST00000587761 863 ntTSL 515.45■□□□□ 0.068e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TTC7B-203ENST00000553972 1719 ntTSL 1 (best)15.45■□□□□ 0.068e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC00963-203ENST00000423918 1654 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.068e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SPATS2L-226ENST00000471601 1730 ntTSL 215.43■□□□□ 0.068e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MED20-201ENST00000265350 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.068e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SMAD6-204ENST00000559931 573 ntTSL 315.41■□□□□ 0.068e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AFG1L-203ENST00000430458 542 ntTSL 515.41■□□□□ 0.068e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PIK3CD-206ENST00000536656 5483 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.068e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PIK3CD-208ENST00000628140 5483 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.068e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 UHRF1-204ENST00000616255 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.068e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHFR-202ENST00000315585 2446 ntTSL 215.39■□□□□ 0.058e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RUNX1-202ENST00000344691 7274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.058e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 B4GALT3-213ENST00000622395 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.058e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ITPK1-201ENST00000267615 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.058e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SORBS1-220ENST00000634504 1847 ntTSL 215.38■□□□□ 0.059e-8■■■■■ 107
SF3B1O75533 APEH-204ENST00000446089 855 ntTSL 515.38■□□□□ 0.058e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AIMP2-202ENST00000395236 860 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.058e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SPATS2L-214ENST00000439084 584 ntTSL 315.37■□□□□ 0.058e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARAP1-220ENST00000544958 473 ntTSL 315.36■□□□□ 0.058e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ECHDC1-220ENST00000528402 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.058e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 U2AF1L4-201ENST00000292879 729 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.058e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRMT2-212ENST00000482508 1478 ntTSL 1 (best)15.35■□□□□ 0.058e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-221ENST00000582137 1238 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.058e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 HYOU1-210ENST00000531968 550 ntTSL 415.34■□□□□ 0.058e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CEP170B-202ENST00000414716 6705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.058e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PKIG-208ENST00000477390 445 ntTSL 315.33■□□□□ 0.048e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MNAT1-208ENST00000556764 1097 ntTSL 1 (best)15.33■□□□□ 0.048e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOMM40L-208ENST00000492482 1120 ntTSL 315.33■□□□□ 0.048e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QARS-231ENST00000634602 544 ntTSL 415.33■□□□□ 0.048e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DNASE1L1-202ENST00000309585 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best)15.32■□□□□ 0.048e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IQCE-201ENST00000325979 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.048e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TBCE-202ENST00000406207 2012 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.048e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IQCE-203ENST00000402050 6844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.048e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 USP28-214ENST00000545540 3431 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.048e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CEP170B-203ENST00000453495 6813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.048e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NPHP4-201ENST00000378156 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.048e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ITPK1-206ENST00000554999 667 ntTSL 515.28■□□□□ 0.048e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MCOLN1-202ENST00000394321 2253 ntTSL 215.28■□□□□ 0.048e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SPATS2L-209ENST00000409988 2698 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.048e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AC004997.1-204ENST00000418047 1781 ntTSL 215.26■□□□□ 0.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-202ENST00000379107 2579 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CARHSP1-210ENST00000567908 565 ntTSL 215.25■□□□□ 0.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GALNT1-202ENST00000586725 272 ntTSL 515.25■□□□□ 0.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 VPS33B-205ENST00000556096 1731 ntTSL 215.25■□□□□ 0.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-247ENST00000502955 574 ntTSL 415.24■□□□□ 0.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MICB-201ENST00000252229 2446 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MPRIP-219ENST00000584067 3195 ntTSL 1 (best)15.23■□□□□ 0.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNAP47-207ENST00000475930 792 ntTSL 315.22■□□□□ 0.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 WDR11-212ENST00000605178 565 ntTSL 415.22■□□□□ 0.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SAFB-214ENST00000592707 940 ntTSL 215.22■□□□□ 0.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AK4-202ENST00000395334 6998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 WASHC2A-202ENST00000314664 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 WDR11-209ENST00000604585 1781 ntTSL 515.21■□□□□ 0.038e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CUL3-202ENST00000344951 6592 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SYNGR1-203ENST00000328933 4391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IDH3B-207ENST00000477689 608 ntTSL 515.18■□□□□ 0.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC01237-202ENST00000429947 470 ntTSL 415.18■□□□□ 0.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C12orf49-201ENST00000261318 8404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RNF31-218ENST00000559719 579 ntTSL 315.17■□□□□ 0.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CHFR-223ENST00000544268 2412 ntTSL 515.17■□□□□ 0.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-243ENST00000640086 1925 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAP1GDS1-213ENST00000509011 549 ntTSL 415.16■□□□□ 0.028e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 U2AF1L4-218ENST00000592913 975 ntTSL 215.14■□□□□ 0.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 U2AF1L4-217ENST00000591855 744 ntTSL 215.14■□□□□ 0.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CEP170B-204ENST00000556508 6683 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 QARS-232ENST00000634609 553 ntTSL 1 (best)15.13■□□□□ 0.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 OGG1-207ENST00000352937 1392 ntTSL 1 (best)15.12■□□□□ 0.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 WDR46-236ENST00000477718 941 ntTSL 515.12■□□□□ 0.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 VPS33B-206ENST00000557358 561 ntTSL 415.11■□□□□ 0.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MARCH7-205ENST00000421037 559 ntTSL 415.11■□□□□ 0.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NR3C1-203ENST00000394464 6795 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EML3-210ENST00000466886 599 ntTSL 415.1■□□□□ 0.011e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 LCLAT1-212ENST00000497423 658 ntTSL 315.1■□□□□ 0.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 REEP3-201ENST00000373758 5205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.018e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ADCK1-207ENST00000556560 1046 ntTSL 515.08■□□□□ 08e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CUL3-201ENST00000264414 6741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 08e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NECAB3-205ENST00000473892 438 ntTSL 215.07■□□□□ 08e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 WDR13-207ENST00000482760 562 ntTSL 315.06■□□□□ 08e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TMEM63B-206ENST00000525873 807 ntTSL 215.06■□□□□ 08e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PTK7-208ENST00000470019 4016 ntTSL 515.05■□□□□ 08e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SFI1-219ENST00000474741 708 ntTSL 515.05■□□□□ -08e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TOMM40L-201ENST00000367987 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -08e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LYPLA2-209ENST00000492577 717 ntTSL 315.04■□□□□ -08e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD52-216ENST00000543912 1243 ntTSL 1 (best)15.04■□□□□ -08e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-253ENST00000504651 571 ntTSL 315.04■□□□□ -08e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RABGGTA-209ENST00000559551 2060 ntTSL 515.04■□□□□ -08e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 APBB3-221ENST00000515056 2064 ntTSL 215.04■□□□□ -08e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-264ENST00000640125 1375 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -08e-6■■■■■ 107
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1206.9 ms