Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5X4

NR2E3, Photoreceptor-specific nuclear receptor, humanhuman

Predictions only

Length 410 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NR2E3Q9Y5X4 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
NR2E3Q9Y5X4 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
NR2E3Q9Y5X4 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
NR2E3Q9Y5X4 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
NR2E3Q9Y5X4 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
NR2E3Q9Y5X4 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
NR2E3Q9Y5X4 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.85■■□□□ 1.89
NR2E3Q9Y5X4 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
NR2E3Q9Y5X4 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
NR2E3Q9Y5X4 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
NR2E3Q9Y5X4 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
NR2E3Q9Y5X4 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
NR2E3Q9Y5X4 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
NR2E3Q9Y5X4 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
NR2E3Q9Y5X4 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC26.72■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC26.71■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
NR2E3Q9Y5X4 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC26.66■■□□□ 1.86
NR2E3Q9Y5X4 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC26.66■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.6 ms