Protein–RNA interactions for Protein: Q96PE6

ZIM3, Zinc finger imprinted 3, humanhuman

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZIM3Q96PE6 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
ZIM3Q96PE6 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
ZIM3Q96PE6 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC24.33■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
ZIM3Q96PE6 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 117.5 ms