Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC42Q96M95 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC25.64■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
CCDC42Q96M95 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
CCDC42Q96M95 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 97.9 ms