Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

Predictions only

Length 385 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCB1Q12824 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCB1Q12824 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
SMARCB1Q12824 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
SMARCB1Q12824 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCB1Q12824 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCB1Q12824 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCB1Q12824 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SMARCB1Q12824 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCB1Q12824 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCB1Q12824 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCB1Q12824 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SMARCB1Q12824 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SMARCB1Q12824 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SMARCB1Q12824 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SMARCB1Q12824 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
SMARCB1Q12824 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.2 ms