Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
LIG3P49916 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIG3P49916 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIG3P49916 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIG3P49916 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIG3P49916 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIG3P49916 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
LIG3P49916 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIG3P49916 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIG3P49916 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
LIG3P49916 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
LIG3P49916 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
LIG3P49916 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
LIG3P49916 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
LIG3P49916 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIG3P49916 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIG3P49916 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
LIG3P49916 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
LIG3P49916 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIG3P49916 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIG3P49916 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIG3P49916 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIG3P49916 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
LIG3P49916 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG3P49916 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG3P49916 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG3P49916 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG3P49916 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG3P49916 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG3P49916 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG3P49916 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG3P49916 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
LIG3P49916 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIG3P49916 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIG3P49916 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIG3P49916 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIG3P49916 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIG3P49916 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
LIG3P49916 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
LIG3P49916 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIG3P49916 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIG3P49916 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIG3P49916 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIG3P49916 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
LIG3P49916 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIG3P49916 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIG3P49916 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIG3P49916 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
LIG3P49916 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIG3P49916 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIG3P49916 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIG3P49916 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIG3P49916 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIG3P49916 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIG3P49916 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIG3P49916 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIG3P49916 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIG3P49916 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
LIG3P49916 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIG3P49916 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIG3P49916 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIG3P49916 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIG3P49916 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIG3P49916 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIG3P49916 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIG3P49916 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
LIG3P49916 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
LIG3P49916 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
LIG3P49916 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC24.7■■□□□ 1.55
LIG3P49916 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIG3P49916 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIG3P49916 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
LIG3P49916 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIG3P49916 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIG3P49916 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIG3P49916 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
LIG3P49916 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
LIG3P49916 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIG3P49916 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
LIG3P49916 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIG3P49916 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIG3P49916 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIG3P49916 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIG3P49916 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
LIG3P49916 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIG3P49916 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
LIG3P49916 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIG3P49916 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIG3P49916 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIG3P49916 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIG3P49916 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIG3P49916 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
LIG3P49916 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
LIG3P49916 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
LIG3P49916 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIG3P49916 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIG3P49916 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIG3P49916 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIG3P49916 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
LIG3P49916 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms