Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
BRCA1P38398 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
BRCA1P38398 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
BRCA1P38398 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC29.9■■■□□ 2.38
BRCA1P38398 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC29.9■■■□□ 2.38
BRCA1P38398 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC29.89■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC29.89■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.89■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC29.88■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC29.87■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC29.86■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.85■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.85■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC29.84■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.84■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.84■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.83■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC29.83■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.83■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC29.82■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.37
BRCA1P38398 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC29.82■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.82■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC29.82■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC29.82■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC29.82■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC29.81■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.81■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC29.81■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC29.8■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC29.8■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC29.8■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC29.79■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC29.79■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.79■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC29.78■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC29.77■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC29.77■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC29.77■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC29.77■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC29.76■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC29.76■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC29.76■■■□□ 2.36
BRCA1P38398 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC29.76■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC29.76■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC29.75■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.75■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.75■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC29.74■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC29.74■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC29.73■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.73■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC29.72■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC29.71■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.35
BRCA1P38398 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC29.7■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC29.7■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC29.69■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
BRCA1P38398 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms