Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC42.25■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC42.25■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.25■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.25■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC42.24■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC42.24■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC42.24■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.24■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC42.23■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC42.23■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC42.23■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC42.23■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC42.23■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.23■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.23■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.22■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.22■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.22■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC42.22■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.22■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC42.22■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC42.22■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC42.22■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC42.22■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.21■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.21■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC42.21■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC42.21■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.2■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC42.2■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC42.2■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC42.2■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.2■■■■■ 4.35
CCDC88BA6NC98 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC42.19■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.18■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.18■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC42.17■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC42.17■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC42.17■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.17■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.17■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC42.17■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC42.16■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.16■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.15■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC42.15■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC42.15■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.15■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC42.14■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC42.14■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC42.14■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC42.14■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.14■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.13■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC42.13■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC42.13■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC42.13■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC42.13■■■■■ 4.34
CCDC88BA6NC98 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC42.13■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC42.12■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC42.12■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC42.12■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC42.11■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC42.11■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.11■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC42.11■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC42.1■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.09■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC42.09■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC42.09■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.09■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC42.08■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC42.08■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.08■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC42.08■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC42.08■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.07■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.07■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC42.07■■■■■ 4.33
CCDC88BA6NC98 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC42.06■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC42.06■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.05■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC42.05■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC42.05■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC42.04■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.04■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC42.04■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC42.04■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.04■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC42.03■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC42.03■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC42.02■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC42.02■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC42.02■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC42.02■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC42.02■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.02■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC42.02■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC42.01■■■■■ 4.32
CCDC88BA6NC98 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC42.01■■■■■ 4.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.4 ms