Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 SPDYC-201ENST00000377185 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 AC110491.3-201ENST00000631985 460 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 OGFOD2-224ENST00000545612 1465 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 SEPHS1-201ENST00000327347 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 NADSYN1-201ENST00000319023 2773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 PBX2-201ENST00000375050 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 STXBP3-201ENST00000370008 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 SNHG5-201ENST00000369605 1032 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 KRT18P32-201ENST00000424695 1287 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 SPECC1-203ENST00000395525 2536 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 AL731569.1-201ENST00000428940 3058 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 CTSB-232ENST00000534510 1989 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 USP13-201ENST00000263966 8323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 SDCBP-202ENST00000413219 2086 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A36-204ENST00000453248 1040 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 SMIM10-201ENST00000330288 1536 ntAPPRIS P1 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 ARID5A-201ENST00000357485 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 ANTXRL-206ENST00000622632 1964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CHMP3Q9Y3E7 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 210.7 ms