Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

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Length 328 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 KDM3A-201ENST00000312912 4886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 SCN3B-201ENST00000299333 5665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 SLC4A5-203ENST00000377632 3123 ntTSL 1 (best) BASIC14.64□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 PITPNM3-201ENST00000262483 7086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 AL731569.1-201ENST00000428940 3058 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 KIFC2-201ENST00000301332 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 DHX36-202ENST00000329463 2985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 CLCN7-202ENST00000382745 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 PAK4-203ENST00000360442 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 BDP1-202ENST00000380675 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 LENG8-AS1-201ENST00000416022 582 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 AC020934.1-201ENST00000588469 739 ntTSL 3 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 ITSN1-212ENST00000399367 5722 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 SMARCA2-214ENST00000450198 5602 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 SYVN1-203ENST00000377190 3052 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 KIF1A-201ENST00000320389 8832 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 DDHD2-205ENST00000520272 4532 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 SLC3A2-203ENST00000377890 2161 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 ZNF619-205ENST00000456778 2192 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 PSMC5-202ENST00000375812 1494 ntTSL 2 BASIC14.63□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 GPAT3-208ENST00000611707 2633 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 ZSWIM8-221ENST00000604729 6075 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 ACSF3-204ENST00000406948 2247 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 ASH2L-212ENST00000545394 2808 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 TMEM161A-201ENST00000162044 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 NDFIP2-201ENST00000218652 4625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 NPRL3-211ENST00000611875 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 CACNA2D2-203ENST00000423994 5329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 BLOC1S1-204ENST00000549147 1229 ntTSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 AC092119.3-201ENST00000612618 583 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 KCNQ2-236ENST00000637193 2983 ntTSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 CD93-201ENST00000246006 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 HLA-F-216ENST00000259951 1635 ntAPPRIS P4 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 STAT5B-201ENST00000293328 5103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 MGAT1-201ENST00000307826 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 PCCB-207ENST00000466072 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.62□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 CLEC16A-203ENST00000409790 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 AL513523.2-202ENST00000427283 2040 ntBASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 EXT1-201ENST00000378204 8270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 TRIM7-203ENST00000393315 2851 ntTSL 1 (best) BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC14.61□□□□□ -0.07
CCDC54Q8NEL0 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC14.61□□□□□ -0.07
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