Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 ZSCAN10-201ENST00000252463 2463 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 C2orf49-202ENST00000410049 854 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 ZPBP2-204ENST00000584588 1277 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 SNAPC3-202ENST00000380821 5680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 SCP2-204ENST00000407246 2239 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 GMIP-204ENST00000587238 2987 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 MALT1-202ENST00000348428 9368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 TSHZ1-204ENST00000580243 3582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 JAG1-201ENST00000254958 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 TRPC6-202ENST00000348423 2448 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 FLJ31104-201ENST00000500093 2289 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 SNTB2-201ENST00000336278 9789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 AC004832.2-201ENST00000426397 482 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 TMEM205-202ENST00000447337 916 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 SNHG15-206ENST00000580528 1073 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 C1QL3-202ENST00000619991 783 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 PGR-209ENST00000617858 2816 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 GPR158-AS1-201ENST00000449643 2433 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 CYP4F22-202ENST00000601005 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 GLDC-201ENST00000321612 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 LRP11-201ENST00000239367 3260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 MC1R-204ENST00000639847 2567 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 WDR81-204ENST00000419248 3315 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 SARDH-205ENST00000422262 2367 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SHMT2P34897 SLC38A6-202ENST00000354886 1730 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.5 ms