Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TBCE-206ENST00000482230 1050 ntTSL 516.65■□□□□ 0.268e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-249ENST00000503495 636 ntTSL 216.64■□□□□ 0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IST1-225ENST00000568581 503 ntTSL 516.64■□□□□ 0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-278ENST00000515233 580 ntTSL 416.64■□□□□ 0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 STRADA-244ENST00000640174 1125 ntTSL 516.64■□□□□ 0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CDAN1-202ENST00000562465 2562 ntTSL 1 (best)16.61■□□□□ 0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AFTPH-202ENST00000238856 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FMNL3-202ENST00000352151 4006 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNTB2-202ENST00000360496 415 ntTSL 216.6■□□□□ 0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EPB41L1-209ENST00000430276 896 ntTSL 516.6■□□□□ 0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BBS5-201ENST00000295240 3475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CBY1-207ENST00000485501 583 ntTSL 1 (best)16.59■□□□□ 0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COA7-202ENST00000486918 908 ntTSL 316.59■□□□□ 0.258e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PPP2R1B-203ENST00000393055 1525 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PCDH10-201ENST00000264360 8489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 C1orf159-215ENST00000475119 740 ntAPPRIS ALT2 TSL 316.57■□□□□ 0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 DDR1-237ENST00000437124 587 ntTSL 416.57■□□□□ 0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LINC01237-205ENST00000457686 586 ntTSL 416.56■□□□□ 0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TRIM66-207ENST00000530502 858 ntTSL 316.56■□□□□ 0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NCALD-207ENST00000518166 570 ntTSL 216.55■□□□□ 0.241e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.241e-10■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNU13-205ENST00000463675 786 ntTSL 316.54■□□□□ 0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GNAL-202ENST00000334049 6535 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MCAM-209ENST00000528976 722 ntTSL 316.53■□□□□ 0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ARHGEF7-214ENST00000478679 1833 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRMT2-202ENST00000334494 1334 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PLCG2-209ENST00000565054 912 ntTSL 516.52■□□□□ 0.248e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.236e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CYB5R3-203ENST00000402438 1050 ntTSL 5 BASIC16.49■□□□□ 0.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PACS2-207ENST00000548265 402 ntTSL 216.48■□□□□ 0.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PLD3-202ENST00000359274 745 ntTSL 316.48■□□□□ 0.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ABCA2-209ENST00000463603 655 ntTSL 316.48■□□□□ 0.239e-8■■■■■ 107
SF3B1O75533 LCLAT1-206ENST00000466477 583 ntTSL 316.48■□□□□ 0.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SS18L1-204ENST00000491916 456 ntTSL 216.48■□□□□ 0.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LSM1-203ENST00000520755 975 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TFEB-212ENST00000424495 377 ntTSL 1 (best)16.48■□□□□ 0.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CLUHP3-205ENST00000532304 1571 ntTSL 1 (best)16.48■□□□□ 0.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 METTL8-207ENST00000447486 2246 ntTSL 216.48■□□□□ 0.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FMC1-205ENST00000488886 432 ntTSL 316.47■□□□□ 0.238e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CBY1-201ENST00000216029 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BANF1-203ENST00000524628 612 ntTSL 216.45■□□□□ 0.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LYPLA2-207ENST00000421070 429 ntTSL 516.45■□□□□ 0.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNTB2-205ENST00000525632 536 ntTSL 316.45■□□□□ 0.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNTB2-204ENST00000524887 537 ntTSL 316.45■□□□□ 0.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-268ENST00000640287 1485 ntTSL 1 (best)16.43■□□□□ 0.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUBP2-203ENST00000563136 470 ntTSL 416.43■□□□□ 0.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ERN1-207ENST00000584041 566 ntTSL 416.42■□□□□ 0.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEG3-204ENST00000398518 1674 ntTSL 216.4■□□□□ 0.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 IFT140-207ENST00000566052 544 ntTSL 216.4■□□□□ 0.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 GNAL-204ENST00000535121 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PKIG-204ENST00000372889 1489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.228e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 METTL8-209ENST00000460188 622 ntTSL 416.39■□□□□ 0.218e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CBY1-210ENST00000492576 584 ntTSL 216.38■□□□□ 0.218e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC2A14-217ENST00000542916 580 ntTSL 416.37■□□□□ 0.218e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEG3-203ENST00000398474 1721 ntTSL 216.34■□□□□ 0.218e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PAX6-203ENST00000379109 3182 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.218e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ERH-201ENST00000216520 668 ntTSL 316.34■□□□□ 0.218e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 UVSSA-203ENST00000503548 4819 ntTSL 216.33■□□□□ 0.218e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ENTPD6-218ENST00000490187 1918 ntTSL 216.33■□□□□ 0.28e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BAZ2B-206ENST00000437839 640 ntTSL 416.31■□□□□ 0.28e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 KIF1BP-214ENST00000638119 2537 ntTSL 5 BASIC16.31■□□□□ 0.28e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LAPTM5-201ENST00000294507 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.28e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.28e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TES-205ENST00000461440 873 ntTSL 216.29■□□□□ 0.28e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SNAP47-203ENST00000366760 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.28e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SCN1B-204ENST00000596348 1176 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.28e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CARHSP1-213ENST00000569398 442 ntTSL 216.28■□□□□ 0.28e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MEX3A-201ENST00000442784 664 ntTSL 216.27■□□□□ 0.28e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PRDX5-203ENST00000352435 596 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.198e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FMC1-203ENST00000481123 460 ntTSL 216.25■□□□□ 0.198e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FBN1-202ENST00000537463 3766 ntTSL 516.24■□□□□ 0.198e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 AFTPH-201ENST00000238855 4113 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.198e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC2A14-202ENST00000396589 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.198e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 RAP1GDS1-217ENST00000511379 941 ntTSL 216.23■□□□□ 0.198e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 EMC3-AS1-202ENST00000366264 559 ntTSL 4 BASIC16.23■□□□□ 0.198e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LSM10-201ENST00000315732 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.198e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.198e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PACS2-204ENST00000546915 576 ntTSL 416.21■□□□□ 0.198e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MKS1-204ENST00000537529 2083 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.198e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.198e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ZNF620-202ENST00000418905 2022 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.198e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.188e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 ASXL1-210ENST00000613218 7038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.188e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 USP28-204ENST00000537642 732 ntTSL 316.18■□□□□ 0.188e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FGF13-204ENST00000436198 1165 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.183e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 BTBD10-208ENST00000528120 1662 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.188e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.188e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 NUTM2B-AS1-208ENST00000496359 581 ntTSL 316.16■□□□□ 0.188e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 MTCL1-209ENST00000520495 3286 ntTSL 216.15■□□□□ 0.188e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.188e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.188e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 COG4-209ENST00000562200 885 ntTSL 216.14■□□□□ 0.178e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 POP4-201ENST00000221770 2321 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.178e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 FMC1-202ENST00000468383 345 ntTSL 316.12■□□□□ 0.178e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 CLIC1-206ENST00000375779 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.178e-6■■■■■ 107
SF3B1O75533 PTK7-216ENST00000489707 1935 ntTSL 1 (best)16.09■□□□□ 0.178e-6■■■■■ 107
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1087.4 ms