Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AC105233.2-201ENST00000523697 349 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AF228730.5-201ENST00000530288 346 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AC073389.1-201ENST00000595595 795 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PHKG1-205ENST00000452681 2226 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 RBM4-204ENST00000408993 1763 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 ANTXRL-206ENST00000622632 1964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 KRT18P28-201ENST00000453838 1332 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 LCN2-203ENST00000373017 848 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PTMS-202ENST00000389462 773 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 NDUFAF3-203ENST00000395458 808 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 LINC01264-201ENST00000431395 500 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 SS18L2-202ENST00000447630 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AC025678.2-201ENST00000562061 970 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 NEURL1B-201ENST00000369800 6424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PRODH-202ENST00000334029 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PENK-201ENST00000314922 1199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 NOP14-204ENST00000502735 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 XRCC3-201ENST00000352127 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 ADPGK-AS1-201ENST00000563592 2730 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.5 ms