Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP4AQ9BY43 DNM1P34-201ENST00000567292 2276 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP4AQ9BY43 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP4AQ9BY43 TP73-AS1-203ENST00000423764 2875 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CHMP4AQ9BY43 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP4AQ9BY43 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP4AQ9BY43 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP4AQ9BY43 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP4AQ9BY43 OPCML-202ENST00000374778 1302 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP4AQ9BY43 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP4AQ9BY43 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP4AQ9BY43 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP4AQ9BY43 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP4AQ9BY43 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP4AQ9BY43 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP4AQ9BY43 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP4AQ9BY43 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP4AQ9BY43 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP4AQ9BY43 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CHMP4AQ9BY43 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 ZSCAN18-201ENST00000240727 2779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC21.33■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 C14orf28-201ENST00000325192 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC4-206ENST00000405731 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AC016027.1-202ENST00000607927 1699 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AL133467.1-201ENST00000554161 993 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CIRBP-204ENST00000585630 870 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CXCL1-201ENST00000395761 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AL627223.1-201ENST00000416693 442 ntBASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 C8orf46-205ENST00000480005 865 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AL138781.1-202ENST00000563018 775 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 ZFHX2-205ENST00000615307 1972 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
CHMP4AQ9BY43 ZNF500-201ENST00000219478 5880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50 ms