Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PRDM8-203ENST00000504452 3706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 RABL6-201ENST00000311502 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 B3GNT3-201ENST00000318683 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SPATC1L-201ENST00000291672 2303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TAF8-206ENST00000472818 719 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AC005759.1-201ENST00000594805 855 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 MRPS30-202ENST00000507110 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 WT1-201ENST00000332351 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 CAMKV-204ENST00000466940 1475 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AC004890.2-201ENST00000426347 2419 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 NKAIN2-201ENST00000368416 1106 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SPCS2P4-201ENST00000436160 681 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AL391845.1-202ENST00000449154 437 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TMEM161B-AS1-202ENST00000501715 1101 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 AC005498.2-205ENST00000593218 784 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 LCN8-205ENST00000612714 638 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 TRIP6-209ENST00000619988 1303 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 KLHL33-201ENST00000344581 1863 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
USP53Q70EK8 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.6 ms