Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SP140Q13342 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
SP140Q13342 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 HBQ1-201ENST00000199708 536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 HINT1-201ENST00000304043 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 NTMT1-207ENST00000482347 1072 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 ACTL9-202ENST00000612068 1252 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 PHYHD1-201ENST00000308941 1599 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 RGS3-206ENST00000374136 2092 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
SP140Q13342 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 SH2B1-206ENST00000545570 1488 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 STK32C-204ENST00000368622 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 TMEM89-201ENST00000330862 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 ZBTB10-202ENST00000426744 9878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 SLC10A3-204ENST00000393587 1862 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 ACP5-203ENST00000433365 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
SP140Q13342 DCAF12L2-201ENST00000360028 2599 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 ZNF623-201ENST00000458270 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 LRRC3-201ENST00000291592 5869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 MRPS15-201ENST00000373116 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 FIBP-212ENST00000533045 1173 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 ZNF445-205ENST00000617032 1291 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 KLHDC8A-205ENST00000539253 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
SP140Q13342 FAM3D-201ENST00000358781 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.4 ms