Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 TIMP3-201ENST00000266085 4603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CCDC50-201ENST00000392455 8429 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.51□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CDC25B-203ENST00000344256 3071 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 USP35-203ENST00000529308 4216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ZFAND4-203ENST00000374366 3821 ntTSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 FUT7-201ENST00000314412 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 UHRF2-201ENST00000276893 3452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 TFPI2-201ENST00000222543 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 PTPN9-206ENST00000618819 7813 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 RTEL1-201ENST00000318100 4676 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 COL11A2-204ENST00000395194 1194 ntTSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 MAP3K13-213ENST00000454237 526 ntTSL 3 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ZNF534-205ENST00000617900 1085 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 WIZ-206ENST00000599686 3644 ntTSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 FAM160B1-202ENST00000369248 5810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 MFSD14B-201ENST00000375344 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ZFR2-201ENST00000262961 4756 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 PLPPR5-201ENST00000263177 3288 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ZNF180-202ENST00000391956 3049 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 C1R-202ENST00000536053 2347 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.5□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 BID-213ENST00000615414 2236 ntTSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AL445931.1-201ENST00000412181 2112 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 TBC1D10C-201ENST00000312390 1497 ntTSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 MGAT4B-202ENST00000337755 3027 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 GK2-201ENST00000358842 1942 ntAPPRIS P1 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CHN1-205ENST00000409900 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 PTPRC-206ENST00000413409 1338 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 SEMA3G-201ENST00000231721 4899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 TMEM234-201ENST00000309777 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 SLC25A48-202ENST00000412661 1148 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 SLC25A48-204ENST00000433282 1111 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 TMA16-209ENST00000513272 803 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 RNF187-203ENST00000639044 708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ALDH3A1-205ENST00000444455 1771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AC097376.2-205ENST00000610159 5334 ntBASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CCDC6-201ENST00000263102 5811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 PIK3R6-203ENST00000614407 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 TTC13-201ENST00000366661 3253 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 DNAJB9-201ENST00000249356 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 BCL2L11-219ENST00000619294 5132 ntTSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 SATB2-206ENST00000457245 2656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 STAC3-201ENST00000332782 1656 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 MAST1-201ENST00000251472 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 C14orf79-205ENST00000549240 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 PRDX3-201ENST00000298510 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 PAK6-202ENST00000455577 4215 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 CDH7-203ENST00000536984 3766 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ATP2A3-204ENST00000397035 4182 ntTSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 GLI2-210ENST00000452319 6799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
RPUSD4Q96CM3 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
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