Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 CLMAT3-201ENST00000510576 1973 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ANTXRL-205ENST00000620264 2206 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 RBPJ-204ENST00000348160 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 INPP5B-201ENST00000373021 3934 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 TRIM39-205ENST00000396551 3249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 PDAP1-201ENST00000350498 2546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 NBL1-211ENST00000618761 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
SDC1P18827 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 DGKZ-201ENST00000318201 3213 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 IQSEC2-202ENST00000396435 6015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 CD81-AS1-201ENST00000413483 1460 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 TSR2-201ENST00000375151 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ZNF805-201ENST00000354309 2396 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 CLU-215ENST00000523500 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ATP5J-201ENST00000284971 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 CKLF-202ENST00000345436 571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 MRPL43-205ENST00000370234 798 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 LINC00487-201ENST00000382045 2131 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 DDOST-202ENST00000415136 2126 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ABHD15-201ENST00000307201 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 UBQLN1-201ENST00000257468 2299 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 CCNI2-204ENST00000614847 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
SDC1P18827 FOXP1-218ENST00000498215 2400 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ELN-221ENST00000445912 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 C20orf166-AS1-201ENST00000412495 2302 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 ANKRD35-202ENST00000544626 3093 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 RNF169-201ENST00000299563 7823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 TPM1-203ENST00000317516 738 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 COLEC11-202ENST00000349077 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 IGF2-202ENST00000381392 1005 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 TPM1-218ENST00000559281 851 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
SDC1P18827 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.8 ms