Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC24■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
VPS39Q96JC1 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
VPS39Q96JC1 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 131.2 ms