Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 DCAF13-202ENST00000518554 5300 ntTSL 27.06□□□□□ -1.281e-11■■■■■ 51.9
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SF3B4Q15427 MYBBP1A-211ENST00000574547 1607 ntTSL 1 (best)15.85■□□□□ 0.131e-17■■■■■ 51.8
SF3B4Q15427 MYBBP1A-206ENST00000572759 588 ntTSL 314.81□□□□□ -0.041e-17■■■■■ 51.8
SF3B4Q15427 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.749e-8■■■■■ 51.7
SF3B4Q15427 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.44■□□□□ 0.79e-8■■■■■ 51.7
SF3B4Q15427 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.689e-8■■■■■ 51.7
SF3B4Q15427 PEG3-206ENST00000598410 5304 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.159e-8■■■■■ 51.7
SF3B4Q15427 PEG3-209ENST00000599577 5052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best)14.48□□□□□ -0.099e-8■■■■■ 51.7
SF3B4Q15427 PEG3-202ENST00000593695 4741 ntTSL 1 (best) BASIC11.73□□□□□ -0.539e-8■■■■■ 51.7
SF3B4Q15427 ZIM2-203ENST00000595671 2054 ntTSL 1 (best)11.56□□□□□ -0.569e-8■■■■■ 51.7
SF3B4Q15427 ZIM2-207ENST00000601070 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.89□□□□□ -0.839e-8■■■■■ 51.7
SF3B4Q15427 ZIM2-205ENST00000597281 2037 ntTSL 1 (best)8.66□□□□□ -1.029e-8■■■■■ 51.7
SF3B4Q15427 PEG3-201ENST00000326441 8723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.44□□□□□ -1.069e-8■■■■■ 51.7
SF3B4Q15427 PFKFB4-208ENST00000452531 1011 ntTSL 516.55■□□□□ 0.242e-9■■■■■ 51.7
SF3B4Q15427 PFKFB4-210ENST00000468162 576 ntTSL 55.83□□□□□ -1.482e-9■■■■■ 51.7
SF3B4Q15427 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.932e-8■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.332e-8■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 MAGED2-213ENST00000627068 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.272e-8■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 MAGED2-201ENST00000218439 1958 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.07□□□□□ -0.322e-8■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 MAGED2-207ENST00000396224 2026 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC12.49□□□□□ -0.412e-8■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 MAGED2-205ENST00000375060 1798 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.5□□□□□ -0.572e-8■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 MAGED2-204ENST00000375058 2048 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.35□□□□□ -0.592e-8■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 MAGED2-202ENST00000347546 2177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.12□□□□□ -0.632e-8■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.551e-6■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 KRT18-205ENST00000548496 695 ntTSL 210.83□□□□□ -0.681e-7■■■■■ 51.6
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SF3B4Q15427 FMNL2-204ENST00000497192 595 ntTSL 45.35□□□□□ -1.556e-8■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 SLC17A9-206ENST00000487303 507 ntTSL 215.16■□□□□ 0.025e-18■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 GNPTG-205ENST00000527168 1317 ntTSL 521.04■□□□□ 0.962e-10■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 GNPTG-208ENST00000529957 922 ntTSL 520.02■□□□□ 0.82e-10■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.792e-10■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 GNPTG-207ENST00000529110 552 ntTSL 219.89■□□□□ 0.772e-10■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 GNPTG-202ENST00000526820 572 ntTSL 317.49■□□□□ 0.392e-10■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 GNPTG-203ENST00000527076 2400 ntTSL 215.19■□□□□ 0.022e-10■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.512e-13■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.332e-13■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 C6orf48-210ENST00000614363 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.22e-13■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.132e-13■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.122e-13■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.122e-13■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 C6orf48-202ENST00000375635 610 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.97□□□□□ -0.492e-13■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 C6orf48-209ENST00000395789 952 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.97□□□□□ -0.492e-13■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 C6orf48-201ENST00000375633 586 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.99□□□□□ -1.292e-13■■■■■ 51.6
SF3B4Q15427 ITPR2-202ENST00000381340 11405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.57□□□□□ -0.48e-8■■■■■ 51.5
SF3B4Q15427 CD46-218ENST00000496723 661 ntTSL 53.85□□□□□ -1.793e-11■■■■■ 51.5
SF3B4Q15427 HNRNPU-218ENST00000639064 2625 ntTSL 58.77□□□□□ -1.019e-15■■■■■ 51.5
SF3B4Q15427 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.821e-10■■■■■ 51.5
SF3B4Q15427 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.621e-10■■■■■ 51.5
SF3B4Q15427 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.561e-10■■■■■ 51.5
SF3B4Q15427 RAP1B-206ENST00000425247 855 ntTSL 518.11■□□□□ 0.491e-10■■■■■ 51.5
SF3B4Q15427 RAP1B-221ENST00000540209 1264 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.411e-10■■■■■ 51.5
SF3B4Q15427 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.271e-10■■■■■ 51.5
SF3B4Q15427 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.211e-10■■■■■ 51.5
SF3B4Q15427 RAP1B-210ENST00000463493 781 ntTSL 415.02■□□□□ -01e-10■■■■■ 51.5
SF3B4Q15427 RAP1B-216ENST00000537460 1072 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.47□□□□□ -0.411e-10■■■■■ 51.5
SF3B4Q15427 RAP1B-230ENST00000543697 734 ntTSL 3 BASIC6.68□□□□□ -1.341e-10■■■■■ 51.5
SF3B4Q15427 RAP1B-201ENST00000250559 13438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.31□□□□□ -1.721e-10■■■■■ 51.5
SF3B4Q15427 HNRNPM-207ENST00000597081 1004 ntTSL 518.69■□□□□ 0.587e-14■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 TIAL1-207ENST00000463089 907 ntTSL 56.81□□□□□ -1.322e-27■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 RELT-206ENST00000545687 586 ntTSL 420.54■□□□□ 0.881e-11■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 ACO2-201ENST00000216254 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.321e-11■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 ACO2-202ENST00000396512 2811 ntTSL 5 BASIC12.81□□□□□ -0.361e-11■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 HEPACAM2-203ENST00000440868 2060 ntTSL 1 (best) BASIC8.18□□□□□ -1.11e-11■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 HEPACAM2-204ENST00000453812 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC7.8□□□□□ -1.161e-11■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 HEPACAM2-202ENST00000394468 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC7.76□□□□□ -1.171e-11■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 HEPACAM2-201ENST00000341723 2122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC6.83□□□□□ -1.321e-11■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 PSMA4-211ENST00000559154 637 ntTSL 25.68□□□□□ -1.51e-11■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 AP3B1-202ENST00000517561 498 ntTSL 55.44□□□□□ -1.541e-11■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 PSMA4-204ENST00000558094 651 ntTSL 3 BASIC4.76□□□□□ -1.651e-11■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 HEPACAM2-205ENST00000492616 787 ntTSL 54.21□□□□□ -1.741e-11■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 PSMA4-214ENST00000559906 583 ntTSL 22.85□□□□□ -1.951e-11■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 CCT3-201ENST00000295688 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.132e-9■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 CCT3-206ENST00000368262 2048 ntTSL 213.88□□□□□ -0.192e-9■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 CCT3-204ENST00000368259 1815 ntTSL 2 BASIC13.23□□□□□ -0.292e-9■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 CCT3-211ENST00000472765 1858 ntTSL 2 BASIC12.94□□□□□ -0.342e-9■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 CCT3-203ENST00000368258 1885 ntTSL 212.27□□□□□ -0.452e-9■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 CCT3-212ENST00000478640 583 ntTSL 210.33□□□□□ -0.762e-9■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 CCT3-202ENST00000368256 1063 ntTSL 38.89□□□□□ -0.992e-9■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 CCT3-208ENST00000415548 513 ntTSL 37.59□□□□□ -1.192e-9■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 CCT3-215ENST00000496684 748 ntTSL 26.78□□□□□ -1.322e-9■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 CCT3-216ENST00000533194 581 ntTSL 36.7□□□□□ -1.342e-9■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 CCT3-207ENST00000413555 842 ntTSL 55.68□□□□□ -1.52e-9■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 CCT3-214ENST00000490221 696 ntTSL 24.99□□□□□ -1.612e-9■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 CCT3-209ENST00000446905 593 ntTSL 34.48□□□□□ -1.692e-9■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 CCT3-210ENST00000463132 610 ntTSL 34.41□□□□□ -1.72e-9■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 NLRP1-206ENST00000568641 1627 ntTSL 1 (best)23.46■■□□□ 1.353e-20■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 NLRP1-211ENST00000574406 1750 ntTSL 214.22□□□□□ -0.133e-20■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 CBX8-204ENST00000485449 581 ntTSL 317.58■□□□□ 0.43e-7■■■■■ 51.4
SF3B4Q15427 CCNL2-208ENST00000469113 707 ntTSL 312.42□□□□□ -0.426e-64■■■■■ 51.3
SF3B4Q15427 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.472e-9■■■■■ 51.3
SF3B4Q15427 KBTBD2-207ENST00000485611 537 ntTSL 412.02□□□□□ -0.492e-9■■■■■ 51.3
SF3B4Q15427 TBRG4-211ENST00000482482 486 ntTSL 515.15■□□□□ 0.029e-7■■■■■ 51.3
SF3B4Q15427 PRPF8-208ENST00000573716 542 ntTSL 211.19□□□□□ -0.623e-33■■■■■ 51.3
SF3B4Q15427 MINK1-206ENST00000572304 559 ntTSL 413.25□□□□□ -0.298e-8■■■■■ 51.3
SF3B4Q15427 ADGRV1-235ENST00000640729 1360 ntTSL 58.04□□□□□ -1.126e-14■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 ADGRV1-202ENST00000425867 8141 ntTSL 56.57□□□□□ -1.366e-14■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 ADGRV1-234ENST00000640464 4505 ntTSL 55.08□□□□□ -1.66e-14■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 RBM39-207ENST00000412738 1018 ntTSL 312.61□□□□□ -0.394e-7■■■■■ 51.2
SF3B4Q15427 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.142e-8■■■■■ 51.2
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 3886.7 ms