Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
HDAC4P56524 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
HDAC4P56524 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
HDAC4P56524 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms