Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
SHMT2P34897 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
SHMT2P34897 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHMT2P34897 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.4 ms