Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 CENPX-201ENST00000306704 751 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 ISCU-201ENST00000311893 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 MRPL28-203ENST00000429738 310 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 AC093459.1-201ENST00000444567 481 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 MRPL21-208ENST00000567045 932 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC16.28■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 CHRNE-201ENST00000293780 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 NSMCE3-201ENST00000332303 4838 ntAPPRIS P1 BASIC16.28■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 AC068831.1-204ENST00000501381 1621 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 CBS-202ENST00000359624 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 CBSL-203ENST00000618024 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 S100A11-201ENST00000271638 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 H2AFJ-203ENST00000544848 644 ntAPPRIS P1 BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 NAP1L4-201ENST00000380542 2511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 RGS3-210ENST00000462143 2759 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
VPS29Q9UBQ0 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 LAPTM4B-201ENST00000445593 3173 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC16.27■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 ADRB3-201ENST00000345060 2950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 WASHC2C-209ENST00000540872 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 PRAG1-202ENST00000622241 4639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 VKORC1-201ENST00000300851 876 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 C7orf34-201ENST00000409607 766 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 SAPCD2P3-201ENST00000455031 850 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 HDDC3-205ENST00000559898 1024 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 FBXO18-201ENST00000362091 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS29Q9UBQ0 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms