Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 C19orf54-203ENST00000470681 2521 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 PTPA-213ENST00000419582 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 C21orf58-203ENST00000397680 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 ZNF500-202ENST00000545009 2440 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 FAM172A-206ENST00000509163 1369 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 MPP1-202ENST00000369534 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 SHOX-201ENST00000334060 1951 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 CSNK1G2-AS1-201ENST00000314315 1252 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AC091053.1-201ENST00000529883 744 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AL583722.3-202ENST00000554954 486 ntTSL 4 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AC092070.4-201ENST00000599803 507 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AL359881.2-201ENST00000602973 570 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 ORAI2-202ENST00000403646 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AC060834.1-201ENST00000443027 2032 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 SH2B1-206ENST00000545570 1488 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 CTHRC1-201ENST00000330295 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AL158211.3-201ENST00000607385 239 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 PIF1-201ENST00000268043 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 GPS1-228ENST00000624957 1825 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 CHMP2B-205ENST00000494980 1175 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 CR383656.12-201ENST00000549567 513 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AC004597.1-201ENST00000595525 561 ntTSL 4 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 ZNF57-201ENST00000306908 2003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 POP5-202ENST00000357500 801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 SSR4-204ENST00000370087 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 COX11-202ENST00000571584 1108 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 ZNF57-205ENST00000614108 2002 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
TCOF1Q13428 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
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