Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 ZDHHC9-202ENST00000371064 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 BCAM-206ENST00000589651 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 PITPNA-202ENST00000539476 3612 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 RBFADN-201ENST00000562391 1350 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 CORT-201ENST00000377049 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 CD9-202ENST00000382515 1229 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 AC104819.1-201ENST00000504587 486 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 FOSL1P1-201ENST00000511041 816 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 SYNGR2-202ENST00000585591 949 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 KLK8-205ENST00000593490 267 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 CUX1-213ENST00000549414 4452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 MCU-201ENST00000357157 2874 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 C4A-243ENST00000428956 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 C4B-202ENST00000435363 5460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 UBR5-207ENST00000520539 10297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 FAM53B-202ENST00000337318 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 VAV3-210ENST00000527011 4510 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 HMCN2-204ENST00000611173 1920 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 HCFC1-201ENST00000310441 8869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 CCDC187-205ENST00000638797 10126 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 ARHGEF6-202ENST00000370620 4764 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 SLC4A3-201ENST00000273063 4246 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 GJC3-201ENST00000312891 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 AC012615.1-201ENST00000565797 1299 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 AC005336.2-201ENST00000593183 939 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 MCF2L2-201ENST00000328913 4980 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 RB1CC1-202ENST00000435644 6614 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 DDHD2-201ENST00000397166 4921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 CLCN2-204ENST00000434054 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 PTPRN2-201ENST00000389413 4723 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 JRK-210ENST00000614134 8932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 AL731569.1-201ENST00000428940 3058 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 SHTN1-201ENST00000260777 5308 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 SEPHS1-201ENST00000327347 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 CABP1-201ENST00000288616 1369 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
KLHL28Q9NXS3 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms