Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 LOXL3-205ENST00000409986 2005 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 RPAIN-203ENST00000381209 1535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 SIT1-204ENST00000618781 1317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 SLC35A3-217ENST00000639807 2767 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 AC021744.1-201ENST00000518354 453 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 CAP2-208ENST00000611958 2686 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 AC053503.2-201ENST00000420563 1598 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 TFAP2E-201ENST00000373235 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 PPP2R2B-203ENST00000394411 2071 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 NDUFAF3-203ENST00000395458 808 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ITGB2-204ENST00000397846 422 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 FST-202ENST00000396947 2538 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 POLR2J4-203ENST00000326391 1422 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 TTC19-201ENST00000261647 3002 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 SLC3A2-201ENST00000338663 1904 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 ADAMTSL1-202ENST00000327883 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TRIM28Q13263 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
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