Protein–RNA interactions for Protein: Q04844

CHRNE, Acetylcholine receptor subunit epsilon, humanhuman

Predictions only

Length 493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHRNEQ04844 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 UNC13A-206ENST00000552293 5314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 HEYL-201ENST00000372852 3661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 C2orf50-201ENST00000381585 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 GUCY1A2-202ENST00000347596 2532 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 NUP62-211ENST00000597029 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 KDM6A-213ENST00000611820 5924 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 LSP1-203ENST00000405957 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 SPEG-204ENST00000396689 1274 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 POLR2M-203ENST00000464277 910 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 SURF4-206ENST00000485435 1206 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 BARHL1-202ENST00000542090 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 AC069148.1-201ENST00000608741 768 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 MC1R-204ENST00000639847 2567 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 RAI2-203ENST00000415486 2037 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 VIPR1-217ENST00000543411 2681 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 TMEM171-201ENST00000287773 1247 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 BOLA1-201ENST00000369150 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 C11orf68-203ENST00000530188 1528 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 C10orf10-201ENST00000298295 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 SLC22A11-203ENST00000377585 2124 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
CHRNEQ04844 ZNF503-201ENST00000372524 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms