Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP3Q9Y6I4 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
USP3Q9Y6I4 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
USP3Q9Y6I4 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms