Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
USP40Q9NVE5 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
USP40Q9NVE5 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC29■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC28.99■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.23
USP40Q9NVE5 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC28.93■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC28.9■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
USP40Q9NVE5 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.89■■■□□ 2.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms