Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP41Q3LFD5 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
USP41Q3LFD5 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
USP41Q3LFD5 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
USP41Q3LFD5 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.7 ms