Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SCN1BQ07699 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SCN1BQ07699 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
SCN1BQ07699 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCN1BQ07699 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCN1BQ07699 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCN1BQ07699 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCN1BQ07699 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
SCN1BQ07699 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN1BQ07699 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SCN1BQ07699 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SCN1BQ07699 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
SCN1BQ07699 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
SCN1BQ07699 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
SCN1BQ07699 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
SCN1BQ07699 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN1BQ07699 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN1BQ07699 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN1BQ07699 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN1BQ07699 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN1BQ07699 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN1BQ07699 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN1BQ07699 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SCN1BQ07699 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN1BQ07699 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SCN1BQ07699 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN1BQ07699 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN1BQ07699 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN1BQ07699 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SCN1BQ07699 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN1BQ07699 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN1BQ07699 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SCN1BQ07699 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SCN1BQ07699 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCN1BQ07699 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCN1BQ07699 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCN1BQ07699 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCN1BQ07699 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SCN1BQ07699 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SCN1BQ07699 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC21.27■■□□□ 1
SCN1BQ07699 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SCN1BQ07699 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SCN1BQ07699 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC21.27■■□□□ 1
SCN1BQ07699 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SCN1BQ07699 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SCN1BQ07699 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC21.27■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC21.27■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.99
SCN1BQ07699 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
SCN1BQ07699 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 95.2 ms