Protein–RNA interactions for Protein: P35625

TIMP3, Metalloproteinase inhibitor 3, humanhuman

Predictions only

Length 211 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TIMP3P35625 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TIMP3P35625 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
TIMP3P35625 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
TIMP3P35625 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TIMP3P35625 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms