Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
HOXD3P31249 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC18.69■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.65■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.64■□□□□ 0.58
HOXD3P31249 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
HOXD3P31249 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.9 ms