Protein–RNA interactions for Protein: P01130

LDLR, Low-density lipoprotein receptor, humanhuman

Predictions only

Length 860 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LDLRP01130 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LDLRP01130 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LDLRP01130 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LDLRP01130 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
LDLRP01130 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LDLRP01130 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LDLRP01130 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LDLRP01130 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LDLRP01130 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
LDLRP01130 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LDLRP01130 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LDLRP01130 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LDLRP01130 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LDLRP01130 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LDLRP01130 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LDLRP01130 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LDLRP01130 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LDLRP01130 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LDLRP01130 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LDLRP01130 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LDLRP01130 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LDLRP01130 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LDLRP01130 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LDLRP01130 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LDLRP01130 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LDLRP01130 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LDLRP01130 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LDLRP01130 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
LDLRP01130 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LDLRP01130 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LDLRP01130 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LDLRP01130 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LDLRP01130 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
LDLRP01130 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC23.08■■□□□ 1.28
LDLRP01130 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC23.08■■□□□ 1.28
LDLRP01130 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LDLRP01130 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LDLRP01130 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LDLRP01130 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LDLRP01130 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LDLRP01130 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LDLRP01130 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LDLRP01130 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LDLRP01130 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LDLRP01130 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LDLRP01130 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
LDLRP01130 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LDLRP01130 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LDLRP01130 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LDLRP01130 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LDLRP01130 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LDLRP01130 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LDLRP01130 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LDLRP01130 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LDLRP01130 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
LDLRP01130 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
LDLRP01130 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LDLRP01130 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
LDLRP01130 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
LDLRP01130 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LDLRP01130 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
LDLRP01130 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LDLRP01130 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LDLRP01130 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LDLRP01130 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
LDLRP01130 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
LDLRP01130 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LDLRP01130 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LDLRP01130 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC23■■□□□ 1.27
LDLRP01130 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LDLRP01130 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LDLRP01130 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LDLRP01130 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LDLRP01130 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LDLRP01130 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LDLRP01130 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LDLRP01130 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
LDLRP01130 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LDLRP01130 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
LDLRP01130 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LDLRP01130 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LDLRP01130 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LDLRP01130 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
LDLRP01130 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LDLRP01130 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LDLRP01130 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LDLRP01130 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LDLRP01130 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LDLRP01130 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LDLRP01130 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LDLRP01130 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LDLRP01130 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LDLRP01130 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LDLRP01130 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LDLRP01130 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LDLRP01130 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.27
LDLRP01130 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LDLRP01130 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LDLRP01130 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LDLRP01130 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms