Protein–RNA interactions for Protein: O95484

CLDN9, Claudin-9, humanhuman

Predictions only

Length 217 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN9O95484 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CLDN9O95484 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CLDN9O95484 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CLDN9O95484 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CLDN9O95484 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CLDN9O95484 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CLDN9O95484 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CLDN9O95484 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CLDN9O95484 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CLDN9O95484 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CLDN9O95484 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 130.1 ms